סעיף 4 לחוק מס ערך מוסף מחייב מעסיקים מסוימים במס שכר (כתחליף למע"מ בו חייב עוסק רגיל) בגין השכר ששילמו על פעילותם בישראל. שיעורו של מס שכר נקבע על-ידי שר האוצר באישור הכנסת, ובדרך כלל הוא משתנה בהתאם לשינויים במס ערך מוסף. למס שכר שתי רמות:

• מעביד שאושר בתור מלכ"ר (מוסד ללא כוונת רווח) לפי חוק מס ערך מוסף, חייב בתשלום מס שכר בשיעור של 7.5% מהמשכורת ששילם. סעיף 35 לחוק מס ערך מוסף ותקנות מס ערך מוסף (מוסדות כספיים ומלכ"רים), תשל"ו-1976 פוטרים ממס זה מלכ"ר שסך כל השכר ששילם בשנת מס אינו עולה על סכום מסוים (174,230 ש"ח לשנה בשנת 2012).
• מוסדות כספיים - בנקים, חברות ביטוח, קרנות נאמנות וחברי הבורסה לניירות ערך, חייבים בתשלום מס שכר בשיעור של 16.5% מהמשכורת ששילמו. מוסד כספי שהפסיד כסף בשנת מס רשאי לקזז הפסד זה מהשכר ששולם באותה שנת מס (ובכך להקטין את מס השכר).
  

השכר החייב במס שכר מוגדר כך בחוק: "הכנסת עבודה כמשמעותה בפקודת מס הכנסה, לרבות קצבה המשתלמת מאת מעביד למי שהיה עובדו". לפיכך יש לשלם מס שכר כמעט על כל רכיבי השכר. פטורים ממס שכר התשלומים הבאים:

• תשלומים שאינם בגדר הכנסת עבודה, כגון אש"ל שבגבולות התקרה לפטור ממס;
• תגמולי מילואים;
• פנסיה שמשולמת לא על ידי מי שהיה המעביד (אלא על-ידי קרן פנסיה, למשל);
• פנסיית שאירים.
• אצל מלכ"ר פטורים ממס גם פיצויי פרישה (לרבות החלק החייב במס הכנסה);