מס עקיף המוטל בשיעור קבוע (16% החל מינואר 2010) על מחירם של שירותים ומוצרים שמספקים "עוסקים" (כהגדרתם בחוק מס ערך מוסף). במסגרת חישוב השכר בא מס ערך מוסף לידי ביטוי בהלוואה שנותן המעסיק לעובד. כאשר המעסיק הוא בגדר עוסק, חל מע"מ על הריבית שמשלם העובד למעסיקו בגין ההלוואה. גם כאשר ההלוואה היא ללא ריבית יש לשלם מע"מ על הריבית הרעיונית.

משכורת המשולמת לעובד שכיר פטורה ממס ערך מוסף, אך תמורה המשולמת בעד עבודה שלא במסגרת יחסי עובד-מעביד, כגון תשלום הניתן לקבלן או למשתתף חופשי חייבת במע"מ, גם כאשר מקבל התמורה אינו בגדר עוסק.

במסגרת חוק מס ערך מוסף מוטל מס שכר על המשכורת שמשלם מעסיק שהוא מלכ"ר או מוסד כספי.