מס ההכנסה השנתי הוא תמיד חיובי או אפס. בתכונה זו טמונה בעיה, שהמס אינו מבחין בין כל אלה שהמס המוטל עליהם הוא אפס, אף שייתכנו פערים בהכנסותיהם ובצורכיהם. הכינוי "מס הכנסה שלילי" ניתן לקצבאות הניתנות בהתאם לגודל המשפחה ולמבחני הכנסה גם למי שאינו משלם מס הכנסה, וזאת לשם שיפור השוויון בחלוקת ההכנסות. אפקט של מס הכנסה שלילי קיים בקצבת הילדים ובחוק הבטחת הכנסה.

בשנת 2008 החלה הנהגה הדרגתית של מס הכנסה שלילי בישראל.