חלוקתו של הארגון ליחידות המרכיבות אותו. המבנה הארגוני הנפוץ הוא מבנה היירארכי, בצורה של פירמידה ארגונית. להצגה ויזואלית של המבנה הארגוני משמש התרשים הארגוני.

היחידות המרכיבות את המבנה הארגוני הן משני סוגים:

• יחידות מטה: היחידות המרכיבות את מנהלת הארגון: כספים, שיווק, ניהול משאבי אנוש.
• יחידות קו: היחידות העוסקות בייצור ובמתן שירות ללקוחות. בארגון מבוזר, כגון בנק או רשת שיווק, ההבדל בין שני סוגי היחידות בולט לעין: יחידות הקו הן הסניפים, ויחידות המטה מרוכזות בהנהלה הראשית.

בנוסף למבנה ההיירארכי הנפוץ, התפתחו בשנים האחרונות מבנים ארגוניים נוספים:

• ארגון שטוח (flat organization): ארגון שהפעילות בו מתבצעת בצוותים הנוצרים ומתפרקים בהתאם למשימות שעליהם לבצע, ללא היירארכיה ניהולית מפותחת. קיצור שרשרת הניהול משפר את יעילותו של הארגון.
• ארגון רזה (lean organization): ארגון המעסיק כוח אדם מועט לשם ביצוע פעילויות ייחודיות לארגון, ומבצע את שאר הפעילויות באמצעות קבלני משנה ומיקור חוץ.
• ארגון וירטואלי (virtual organization): ארגון שכל פעילותו מתבצעת באמצעות מיקור חוץ.